San Martín fallece el 17 de agosto de 1850 en Boulogne Sur Mer, Francia. Inicialmente, sus restos permanecieron en aquel país europeo y, después de varios intentos de repatriarlos, el 29 de mayo de 1880, durante la presidencia de Nicolás Avellaneda, fueron depositados en la Capilla Nuestra Señora de la Paz, ubicada en la Catedral Metropolitana de Buenos Aires.
La Capilla Nuestra Señora de la Paz, donde se encuentra sus restos, está ubicada en la nave derecha del templo, y posee un piso de mosaicos con pequeñísimas estelas que dibujan espinas, clavos y otros motivos, y que se extienden por toda la Catedral. En tanto, el monumento que contiene al Libertador está hecho, casi en su totalidad, en mármol rosado, mientras que la base es de mármol rojo y la lápida de mármol rojo imperial. El sarcófago es de color negro belga.
Los restos de San Martín se encuentran rodeados de tres esculturas femeninas, que representan a cada uno de los países que éste liberó: Argentina, Chile y Perú. Junto a él se hallan las urnas con los restos de los generales Juan Gregorio Las Heras y Tomás Guido y los del Soldado Desconocido de la Independencia.
En la fachada de la Catedral metropolitana figura la siguiente frase en latín:
BENEDIC HEREDI TATI TUAE (Bendice a tu heredad)